В 1894 году было построено первое деревянное здание вокзала станции Курган и паровозное депо. Затем появились две водонапорные башни, которые обеспечивали водой технические службы.

В начале 1900 года вместо него было выстроено кирпичное здание вокзала, которое сильно пострадало во время гражданской войны от прямого попадания снаряда. Вокзал долгое время не спешили восстанавливать. Только в конце 1930-х годов в разрушенном здании провели ремонт.

В 1958 году был построен новый двухэтажный вокзал, где разместились билетные кассы и залы ожидания. Затем появилось багажное отделение и ресторан. В 1964 году на привокзальной площади был установлен памятник основателю города Тимофею Невежину, созданный скульптором Анатолием Ивановичем Козыревым В 1990 году памятник был демонтирован для реставрации, но впоследствии утилизирован. 25 августа 2017 года открыт памятник Тимофею Невежину (установлен 23 марта 2017 года) работы скульптура Ольги Юрьевны Красношеиной. Напротив памятника установлено декоративное сооружение «Герб города Кургана».

1 августа 1980 года около вокзала был установлен памятник-паровоз ФД20-2697, памятник железнодорожникам – Героям Социалистического Труда и памятник дважды почетному железнодорожнику В.М. Слосману (1920—1997).

Здание вокзала неоднократно реконструировалось, перестраивалось и расширялось. Очередная реконструкция была в 2010 году. В настоящее время вокзал станции Курган соответствует всем современным стандартам.