Строительство здания вокзала начато в марте 1959 года по проекту, разработанному проектной конторой Северо-Кавказской железной дороги «Дорпроект». Автор проекта – архитектор А.Н. Симоненко. Общий объем двухэтажного здания по адресу начало улицы Энгельса 8159 куб. м, полезная площадь 1033 кв. м, вспомогательная 432 кв. м. Здание рассчитано на 100 пассажиров.

Здание строилось строительно-монтажным трестом Минтрансстроя по Северо-Кавказской железной дороге («Севкавтрансстрой»). В пояснительной записке к годовому отчету за 1961 год треста «Севкавтрансстрой» по подрядной деятельности, в списке введенных в эксплуатацию в 1961 году объектов, значится «Ростов-Пригородный вокзал». Сдан ведомственной комиссии 14 мая.

В газете «Звезда», органе Управления и Дорпрофсожа Северо-Кавказской железной дороги, № 70 (3374) от 10 июня 1961 года, в публикации В. Александрова «Ростовский пригородный – в действии», говорится: «Первый день работы Ростовского пригородного вокзала совпал с введением летнего графика. Под сводами просторного зала ожидания зазвучали оживленные голоса железнодорожников и первых пассажиров».

В 2009 году была произведена коренная реконструкция здания, которая полностью видоизменила вокзальный комплекс.