Станция Мылки введена в эксплуатацию с названием Болен в 1940 году. Станция была названа по ранее установившемуся географическому термину – по одноименной реке, правому притоку Анаджакана (бассейн Амура). Слово «болен» имеет аборигенное происхождение, в переводе с нанайского на русский язык означает «топкое место».

Мылки – это название озера в Комсомольске-на-Амуре. Слово «мылки» также имеет аборигенное происхождение, в переводе с нанайского на русский язык означает «место для соревнования на лодках»; варианты: «крутиться, бурлить (о водовороте)», «исчезнувшие люди».

Здание железнодорожного вокзала станции Мылки построено в 1995 году.