К 1961 году на станции «Дубна» был построен небольшой павильон с кассой и тротуар перрона.

В 1965 году в 50 метрах от перрона железнодорожной станции «Дубна" было построено новое здание станции, в начале 70-х годов в нем была организована предварительная продажа билетов на поезда дальнего следования, отправлявшиеся с Московских вокзалов; немногим позже транспортное агентство обеспечивало предварительную продажу билетов на различные авиарейсы страны.

В 1970 году на тупиковой ветке, уходящей от станции «Большая Волга» через весь город Дубна к заводам, расположенным на его противоположной окраине, был построен разъезд у станции «Дубна», до которого также протянулись линии контактной сети. Также были построены высокие перрон на станциях «Дубна» для приёма специализированных пассажирских электропоездов (электричек). На перроне станции Дубна появился застеклённый пассажирский павильон для ожидающих пассажиров.

В 2001 году, при активном содействии жителя нашего города, а в ту пору – заместителя министра МПС М.В. Иванкова между железнодорожниками и администрацией Дубны было заключено соглашение о строительстве двух новых городских вокзалов.

30 июля 2002 года, ко дню своего 46-летия, город Дубна получил подарок - современный железнодорожно-вокзальный комплекс вокзала «Дубна». Здание площадью 594 кв. метра отличает необычайный архитектурный облик, который на тот момент не имел аналогов на Московской железной дороге (МЖД). Здание вокзала было возведено в рекордно короткие сроки - неполные 5 месяцев.