1 февраля 1842 года российским императором Николаем I был издан указ о сооружении первой в стране казенной железной дороги Санкт-Петербург – Москва. Строительство магистрали началось уже 1 августа 1842 года. Руководство работами осуществлялось из двух дирекций: Северной, во главе с П.П.Мельниковым, и Южной, которую возглавил О.Н.Крафт. Уже через год Северная дирекция издала распоряжение о закладке железнодорожной станции на берегу речки Малая Вишера.

Казенная изба для приказчика, десятника и прочих руководителей строительства этого участка железной дороги была построена в 1843 году артелью крепостных крестьян. Именно она считается первой постройкой будущей станции и поселения при ней, а 1843 года – датой рождения станции и будущего города Малая Вишера. В 1856 году на станции было построено пассажирское здание по проекту архитектора Р. А. Желязевича, ученика К.Тона. Такой проект вокзала островного типа был разработан в 1851 году лишь для трех станций первого класса Николаевской железной дороги – Малой Вишеры, Бологого и Твери.

Здание Маловишерского вокзала имеет вытянутую форму с закругленными торцами. Декоративным элементом выступает металлический карниз, который поддерживают по всему периметру узорчатые колонны. Вокзал был возведен на небольшой платформе, поэтому с первых дней заметно выделяется над общей панорамой станции и поселения, возникшего при ней. Ведь именно строительство чугунной магистрали стало причиной, поводом и основанием для рождения будущего города с романтичным названием Малая Вишера.

1 ноября 1851 года открылась для общественного пользования дорога Санкт-Петербург – Москва, и через станцию Малая Вишера началось регулярное движение пассажирских и товарных поездов. Первым почетным пассажиром дороги стал сам император Николай I. Еще в августе 1851 года он в сопровождении свиты и инженеров проехал до Москвы, делая продолжительные остановки и осматривая путь.

В 1851 году пассажирские поезда, следовавшие через Малую Вишеру, состояли из семи вагонов, в том числе: из одного вагона I класса, двух вагонов II и III класса, одного багажного для вещей пассажиров и одного почтового. Вагон III класса имел жесткие сиденья, расположенные по бокам от центрального прохода. В вагоне имелось 90 сидячих мест. В вагонах II класса скамьи и спинки их были мягкие, пружинные, с наружной суконной обивкой. Во II классе было 52 места. Вагоны I класса имели 28 мест. Ночью вагоны освещались сальными свечами, которые вставлялись в четыре настенных фонаря.

В 1868-1874 гг. во время охотничьих поездок по линии Николаевской железной дороги два раза в сезон Малую Вишеру посещал император Александр II.

Железнодорожный вокзал станции Малая Вишера недавно отметил свое 160-летие. Сегодня с обоих сторон от него – главные пути для скоростного движения. Станция по-прежнему одна из самых ярких на главной государственной магистрали Санкт-Петербург – Москва. С началом движения на крупных станциях магистрали активно началось строительство стационарных депо взамен временных деревянных паровозных сараев первых лет. Первоначальные проекты локомотивных зданий составлялись Р.А. Желязевичем и американцем Дж. Уистлером. Депо в соответствии с утвержденным проектом были круглыми, с высоким железным куполом. Внутри веерным порядком устраивались стойла для паровозов с поворотным кругом в центре здания.

18 августа 1851 года на станции Малая Вишера была запущена работа первых мастерских для стоянки и обслуживания паровозов, пункт экипировки и смены паровозов. Круговое (циркульное) депо из красного кирпича было построено в 1856 году по проекту К.А. Тона. Оно спроектировано на 22 стойла, оснащено поворотным кругом диаметром 24 метра. 20 стойл занимали ремонтные канавы, и еще 2 были проходными для обеспечения развязки. Венчал здание легкий металлический купол с остеклением, внутри оборудована система вентиляции для удаления паровозного дыма.

Локомотивное депо на станции Малая Вишера – одно из старейших на Николаевской железной дороге. Значительные объемы производимых работ привели к тому, что в 1870 году рядом было построено дополнительное прямоугольное здание вагонного депо, достаточно типовое для станций Николаевской железной дороги. Для ремонта паровозов на станции находились малые мастерские, для водоснабжения была построена паровая водокачка.

Служебные помещения вокзала и станция Малая Вишера оснащались современной для того времени техникой. В первые годы это были оптический телеграф, крылатые семафоры, затем телеграфные аппараты Морзе и телефонные аппараты. Надо отметить, что первый в России телефонный разговор по проводам состоялся в 1879 году на линии Петербург – Малая Вишера. В 1896 г. на станции в помещении вокзала был установлен первый на российских железных дорогах телефонный коммутатор.

Значимость станции характеризует следующий факт: из трех паровых пожарных машин, имевшихся на всей линии Санкт-Петербург – Москва в конце 1890-х гг., одна располагалась в Малой Вишере.

В 1860 году при станции было открыто одно из первых в России железнодорожных технических училищ. Оно располагалось в стоящем рядом с депо кирпичном здании. В 1912 г. училище было реорганизовано в ремесленную школу с четырехгодичным сроком обучения.

С первых дней своей истории железнодорожная станция и поселок Малая Вишера в силу своего расположения были свидетелями и участниками ярких страниц летописи российского и советского государства.

В ночь с 28 февраля на 1 марта 1917 года на станцию Малая Вишера прибыл царский поезд с императором Николаем II. Здесь состав был задержан и направлен обходным путем в Царское село, а затем перенаправлен во Псков, где 2 марта 1917 года Николай II отрекся от российского престола.

10 марта 1918 года на станции Малая Вишера поезд с В.И. Лениным столкнулся с враждебно настроенными анархистскими матросами, самовольно бежавшими с фронта. «Анархистский поезд» был разоружен с помощью латышских стрелков.

В 1921 году Малая Вишера получила статус города.

Во время Великой Отечественной войны Малая Вишера избежала длительной оккупации. 24 октября 1941 года город был захвачен германскими войсками, однако уже 20 ноября освобожден войсками 111 и 259 стрелковых дивизий 52 отдельной армии. Тем не менее близость к линии фронта и напряженная работа железнодорожников по обеспечению боеспособности действующей армии основательно разрушили на износ работавшее железнодорожное хозяйство. Так, прямоугольное депо было разрушено и затем отстроено вновь. Пришлось восстанавливать и круговое депо, после чего в нем был организован промывочный ремонт паровозов. Промышленный подъем послевоенных лет потребовал строительства еще одного здания – в 1953 году оно было построено и вошло в общий комплекс станции.

В 1974-1978 годах на железнодорожных предприятиях Малой Вишеры прошла реконструкция, депо было переориентировано с крытых вагонов на цистерны. До 2001 года эту деятельность успешно осуществляло вагонное депо ВЧД-4 Малая Вишера. Позже здания и территория предприятия были переданы в Локомотивное депо ТЧ-12 для реконструкции под ремонт колесных пар локомотивов, которое велось с 2003 года. До 2003 года от города отходила действующая лесовозная узкоколейная железная дорога на северо-восток.

В 1921 году были созданы первые пожарные поезда, в том числе и на станции Малая Вишера. Эти поезда стояли в боевом расчете с 15 мая по 1 ноября, были оборудованы паровыми насосами, двумя баками для воды емкостью 1500 ведер, 1000 м рукавов и необходимым пожарно-техническим вооружением. 9 декабря 1921 года ВЦИК и Совет труда и обороны принимают важное постановление об охране железных дорог, положившее начало ведомственной охране железнодорожного транспорта. День выхода в свет этого постановления считается днем рождения ведомственной охраны. Приказом НКПС от 19 мая 1930 года пожарная охрана железнодорожного транспорта была объединена со стрелковой охраной на основании «Положения о стрелковой охране».

В 2013 году на станцию Малая Вишера поступил пожарный поезд нового поколения, приспособленный для тушения пожаров и проведения аварийно-спасательных работ в железнодорожном подвижном составе и на стационарных объектах. В нем имеется все необходимое оборудование и огнетушащие средства. Пожарный поезд состоит из вагон-насосной станции и двух цистерн-водохранилищ объемом не менее 70 м³ . Вагон-насосная станция нового поколения обеспечивает большую степень механизации работ по тушению пожаров.

В настоящий момент станция Малая Вишера (участковая, 2 класса) расположена в санкт-петербургском регионе Октябрьской железной дороги, на 162 километре железнодорожной магистрали Санкт-Петербург – Москва. Основное назначение станции: прием, отправление и пропуск пассажирских и грузовых поездов, посадка и высадка пассажиров в дальнем, местном и пригородном сообщении, формирование и расформирование составов грузовых поездов, подача и уборка вагонов под грузовые операции на пути общего и необщего пользования.

В границах станции расположены Сервисное локомотивное депо Малая Вишера, Маловишерская дистанция пути, отельный пожарный поезд, пункт смены локомотивных бригад (в грузовом и пригородном сообщении), вокзальный комплекс с залами ожидания и билетными кассами (включая привокзальный сквер с действующим фонтаном), железнодорожная поликлиника, стрелковая команда.

День железнодорожника в городе Малая Вишера считается официальным городским праздником и организуется в Городском парке каждое первое воскресенье августа.