Строительство станции Ишим началось одновременно со строительством железной дороги, соединяющей крупные города западной Сибири: Тюмень и Омск.
1 октября 1913 года на станцию Ишим Омской железной дороги прибыл первый поезд на паровозной тяге. Железная дорога оживила промышленность, дала работу и хлеб тысячам крестьян.

Вокзал станции Ишим построен в 1912 году и введен в эксплуатацию. Здание вокзала кирпичное, одноэтажное, имеет общую площадь 903,9 кв. м. Вдоль кровли устраивалось ограждение из кирпичных пилонов, связанных кованной решеткой, декорированной, как и все здание, в стиле модерн.

Ишимскому вокзалу довелось увидеть последнего императора. 14 апреля 1918 года комиссар Яковлев вместе с Николаем Александровичем Романовым его супругой и дочерью Марией (остальные члены семьи оставались в Тобольске) разместился в вагоне 1 класса на ст. Тюмень. Вечером того же дня царский поезд прибыл на ст. Ишим.

В июне 1934 года встречали шедший с востока поезд с героями «челюскинской» эпопеи. Это событие запечатлено на фотографии, опубликованной в книге «Поход «Челюскинца» (Москва 1934). На ней вокзал уже побелен, но с какого года началась побелка – неизвестно.

В апреле 1942 года отсюда отправлялись эшелоны с бойцами сформированной в Синицинском бору 229-й стрелковой дивизии, принявшей летом под Сталинградом бой с фашистами.

В июле 1957 года через Ишим проезжали поезда с участниками VI всемирного фестиваля молодежи и студентов из азиатских стран.