Первое упоминание деревни Уковская относится к 1729 году. Тогда в деревне имелось 8 дворов, в 1749 году – уже 25 дворов. В 1740-1744 годах верхотурскими купцами Максимом Походяшиным и Алексеем Власьевским был основан Уковский винокуренный завод. В 1756 году винокурение было объявлено дворянской монополией. Винным откупщиком по всей Сибири стал граф Петр Иванович Шувалов.

В 1787 году деревня стала волостным селом Заводоуковским, в селе на тот момент имелось 180 домов, проживало 980 мужчин и 988 женщин.

Название села можно расшифровать как «завод на Уке», и связано оно с расположенным в селе винокуренным заводом. Другая версия связана с распространенной в Сибири в XVIII-XIX веках традицией основания специальных поселений – «заводов», предназначенных для отдыха направляемых в ссылку каторжан.

В 1844 году было основано Заводоуковское торгово-промышленное предприятие «Товарищество братьев Колмаковых». При нем имелись мукомольное, салотопенное, пряничное, крахмально-паточное производства.

В начале ХХ века правительство решает вопрос о строительстве Тюмень–Омской железной дороги, только пройти она должна была севернее этих мест. Ялуторовские купцы, среди них были и Колмаковы, просчитав выгодность наличия железной дороги, обращаются с прошением о переносе строительства на заводоуковские земли и поначалу получают отказ, так как затрачены средства на проект, но это не останавливает их. Собрав деньги, они заказывают новый проект. Говорят, не обошлось и без взятки некоторым чиновникам, и даже называется сумма в 5 тысяч золотом.

В начале XX века строится железная дорога Тюмень – Омск. Первый рабочий поезд на станцию Заводоуковскую пришел 9 мая 1910 года, а регулярное движение по северной ветке Транссиба началось в конце 1913 года. Вместе с железной дорогой построены здание вокзала, водонапорная башня, казармы для рабочих.

Вокзал станции Заводоуковская построен в 1911 году и введен в эксплуатацию. Здание вокзала кирпичное, одноэтажное, имеет общую площадь 226,5 кв. м, из которых 128,0 кв. м занимают производственные помещения, 98,5 кв. м – служебные помещения. На перроне в отдельно стоящем здании располагается перронный туалет 14 кв. м. В состав инженерного оборудования входят следующие системы: теплоснабжение, водоснабжение, электроснабжение, освещение и связь. Отопление вокзала производится централизованным источником тепла от городской службы ПАО «СУЭНКО». В качестве источников водоснабжения используются существующие сети водопровода городской службы ПАО «СУЭНКО», канализация подсоединена к выгребной яме, обслуживание производится на основании договора с МУП «Заводоуковское ЖКХ». Электроснабжение осуществляется от трансформаторной подстанции № 15 ЭЧ.