Станция Томск-2 построена в 1896 году и являлась железнодорожной станцией Томской ветви Западно-Сибирской железной дороги. Исторически являлась первой станцией города Томска и называлась «станция Томск», со временем большинство пассажиров стало предпочитать ей платформу Межениновка, которая находилась ближе к центру города, поэтому в 1909 году Томская городская дума приняла решение переименовать станцию Межениновка в станцию Томск-I, а станцию Томск – в станцию Томск-II.

Деревянный вокзал на станции Томск-II был одним из самых первых, построенных на Транссибирской магистрали в начале 1890-х годов. Он был выполнен по типовому проекту, разработанному для каждого участка железной дороги. Вокзал проработал почти 100 лет.

Современный кирпичный вокзал был построен в 1997 году на месте старого деревянного. Новый вокзал долгое время оставался краснокирпичным, затем красился в красный цвет прямо по кирпичам Примерно в 2014 году был оштукатурен и покрашен в желтый цвет.