Вокзал станции Хабаровск–2 был введен в эксплуатацию в 1940 году. Вот как описывался внутренний вид вокзала в дорожной газете «Пограничный транспортник»: «… просторные помещения фойе с узорчатой решеткой огромных окон ресторана и зала ожидания замечательны своей художественной отделкой стен, панелей, потолков и дверей. На светло–сиреневом фоне стен зала рельефно выделяются белые дверные рамы служебных комнат, украшенные лепными барельефами. Мастерски исполненные портреты руководителей партии и правительства, а также написанные маслом копии картин лучших советских художников, радуют самый взыскательный глаз».

Построенный в предвоенное время вокзал станции Хабаровск–2 широко использовался для нужд Наркомата обороны СССР. Здесь в 1941 году солдаты и офицеры загружались в эшелоны, направлявшиеся на запад, сюда возвращались летом 1945 года из Германии. Не случайно на переднем фасаде вокзала разместились четыре фигуры военных в форменной одежде 1930–х годов: пехотинец в шинели и каске, танкист, летчик с планшетом, моряк с винтовкой. Скульптурная группа стала визитной карточкой вокзала, придав ему неповторимый колорит.

К концу ХХ века станционное здание пришло в упадок. Недопустимый прогиб перекрытий и грибок, поразивший кирпич, настоятельно требовали ремонта. Восстанавливать и содержать капитальное здание оказалось нерентабельным В начале 2000-х годов была проведена реконструкция вокзала со сносом западного крыла здания.