Станция Харпичан введена в эксплуатацию в 1953 году. Названа по ранее установившемуся географическому термину – по реке Харпичан, правому притоку Девятки (вытекает из озера Эворон). Слово «харпичан» имеет аборигенное происхождение, в переводе с нанайского на русский язык означает «левая пола халата».

Поселок Харпичан возник в 1938 году в связи со строительством Восточного участка Байкало-Амурской магистрали. До 1953 года в Харпичане распола­гался лагпункт Амгуньского стройуправления системы Нижнеамурского лагеря.

В 1950-е годы в Харпичане проживало несколько семей железнодорожников-путейцев: Булановы, Бутины, Стрыганы, Сусловы, Ганины и другие.

С 1957 по 1964 год в Харпичане действовал большой леспромхоз с лесозаготовителями из Корейской Народно-Демократической Республики (КНДР).

Второго февраля 1979 года на основании приказа Министерства лесной и деревообрабатывающей промышленности № 325 от 29 декабря 1978 года на базе лесозаготовительных пунктов Харпичан и Эворон был создан Эворонский леспромхоз объединения «Комсомольсклес», который входил в состав производственного объединения «Дальлеспром». Центральная усадьба данного лес­промхоза размещалась в таежном Харпичане.

Здание железнодорожного вокзала станции Харпичан было построено в 1983 году.