Станция Чернушка получила свое название по названию деревни, расположенной в 3-4 км от строящейся Казанбурки. Территория возле станции начала застраиваться жилыми домами, появились первые улицы, развились кустарные промыслы, торговля. И в народе появилось несколько названий: Станция Чернушка, а деревню Чернушка стали называть Старая Чернушка. Со временем Новая и Старая Чернушка соединились.

В период 1918 - 1919 годов район железной дороги Казань-Екатеринбург был местом боевых действий 28 стрелковой азинской дивизии, которая трижды прошла по территории будущего Чернушинского района мимо станции Чернушка. В конце декабря 1918 года произошел тяжелый бой у станции, на которой скопилось 170 железнодорожных вагонов с хлебом. Штаб В.М. Азина располагался в здании железнодорожного вокзала.

В 2007 году построено и введено в эксплуатацию здание вокзала станции Чернушка.