Здание железнодорожного вокзала на станции Поныри построено в 1869 года и представляет собой историко-архитектурную ценность. Теперь оно включено в Единый государственный реестр объектов культурного наследия в качестве регионального.

История этого здания неразрывно связана с событиями Великой Отечественной войны. В 1941 году станцию почти сразу же начали регулярно бомбить немецкие самолеты, 2 ноября в поселок Поныри вошли фашистские войска. Они сделали станцию своим опорным пунктом, устроив там склады боеприпасов и продовольствия, оборудовав аэродром Оккупанты хозяйничали там 15 месяцев. В Поныровском районе в это время активно действовали партизанские группы, устраивавшие диверсии на железной дороге.

Поселок Поныри и вокзал на станции были взяты штурмом в ночь на 9 февраля 1943 года полками 81-й стрелковой дивизии при поддержке 118-й танковой бригады и артчастей. Во время сражений здание железнодорожного вокзала несколько раз переходило из рук в руки. Ранним утром 9 февраля 1943 года над ним был поднят красный флаг.

Вокзал станции Поныри – часть мемориала героям северного фаса Курской дуги. В одном из его залов 23 августа 2023 года, в День Победы советских войск на Огненной дуге, открыт музей, посвященный, в том числе, подвигу железнодорожников во время войны. Историческая экспозиция расположена в двух залах здания железнодорожного вокзала станции Поныри. Эмоциональным центром комплекса является интерактивная Книга памяти железнодорожников, созданная впервые на сети ОАО «РЖД». Здесь представлены уникальные архивные материалы почти о 4000 железнодорожников Курской области, принимавших участие в обеспечении победы, в том числе погибших исполняя профессиональный долг. На вокзале в Понырях проведена внутренняя отделка и благоустройство территории, установлена детская площадка. Рядом с вокзалом расположили композицию «Воинский эшелон».