Железнодорожная станция открыта в 1916 году при постройке Мурманской железной дороги как разъезд Белый. В 1930 году построена ветвь до Хибинских месторождений, переименована в станцию Апатиты.

Первое здание вокзала представляло деревянное одноэтажное здание с типичным треугольным фронтоном и размещенными на нем часами.

Современное добротное каменное одноэтажное здание вокзала с арочными окнами станции Апатиты-1 построено в 1964 году по типовому проекту сотрудников «Ленгипротранса».

Сегодня помимо зала ожидания и санузла, который не был предусмотрен первоначальным проектом, в здании вокзала оборудован современный зал для маломобильных групп населения площадью 31, 5 м², с мягкой мебелью, специальными тактильно-сенсорными терминалами со схемой вокзала, видеогидом с сурдопереводчиком, информирующем о расписании, индукционной петлей для слабослышащих, а также панелью с кнопками вызова сотрудника Центра содействия мобильности ОАО «РЖД» (ЦСМ).

Кроме того, здесь предусмотрены детский уголок и место для инвалидных колясок с возможностью подзарядки электрических кресел.