Впервые поселение упоминается в 1620 году как Надвоицкий Пост, принадлежащий Соловецкому архипелагу. В 1916 году во время Первой мировой войны, через Надвоицы была проложена стратегически важная для Мурманска и всей Российской империи железная дорога. На станции было построено небольшое деревянное станционное здание, которое до нашего времени не сохранилось.

Современное одноэтажное здание вокзала построено в 1957 году по распространенному типовому проекту, с характерным треугольным фронтоном кровли и высокими арочными окнами.